Những tác động dài lâu của Công đồng Nixea rất có ý nghĩa. Lần đầu tiên, các đại diện của nhiều Giám mục của toàn Hội thánh Kitô giáo được triệu tập để thông qua một lời tuyên bố có tính kinh điển. Cũng là lần đầu tiên, Hoàng đế (Constantine) thể hiện vai trò của mình, bằng cách triệu tập các Giám mục theo lệnh của ông ta, và dùng quyền lực nhà nước để ban hành những mệnh lệnh của Công đồng.

Tuy nhiên, Công đồng đã không giải quyết được hoàn toàn những vấn đề thảo luận và một thời kỳ xung đột và chao đảo xảy ra trong một khoảng thời gian sau công đồng. Bản thân vua Constantine được nối ngôi bởi hai Hoàng đế theo phái Arian, con trai hoàng đế là Constantius II và Valens. Valens đã không thể giải quyết những vấn đề nổi cộm về tôn giáo.

Thỏa hiệp trong công đồng Nicea chẳng bao lâu bị đặt lại vấn đề. Nhiều người không đồng ý chữ Homoousios (Đồng bản tính) vì không có trong Kinh Thánh. Họ cảnh giác sợ rơi vào lạc giáo không phân biệt Cha với Con. Đa số các vùng Đông phương theo họ, trừ thánh Athanasio, Giám mục Alexandria (+373). Giáo hội bên Tây vẫn trung thành với Nicêa... Để xoa dịu quần chúng, Hoàng đế phát lưu Athanasio, mở công đồng Tyro (335), ân xá cho Ario và đón ông về cách long trọng.

Tại Công đồng Sardica (343), Đông phương đòi kết án Athanasius. Năm 351, hoàng đế Constantius theo hẳn Arian. Giáo hoàng Libêrô, thánh Hilario, Giám mục Osio thành Cordoba...bị đi đày. Libêrô bị áp lực, đã kết án những ai dùng từ homoousios để truyền bá thuyết Sabellius (Hình thái Thuyết: một Chúa với ba hình thức)[34]